Temporada 1

Cuando una estudiante de secundaria mutante llamada Hisako Ichiki desaparece en la parte norte de Japón, sus padres le piden ayuda al profesor Xavier. Sintiendo que el caso de la desaparición de Hisako es de gran importancia para los mutantes, reúne a sus X-Men. Sin embargo, el líder de los X-Men, Cyclops, que había perdido a su amante Jean durante la batalla, se niega a regresar.

Los X-Men, liderados por Cyclops, viajan vía Blackbird a Japón. Durante su búsqueda de Hisako, descubren que ella no es la primera mutante que ha desaparecido. A medida que avanzan con su investigación, también se enteran de que la población local tiene muchos prejuicios contra los mutantes. Su investigación se ve obstaculizada por los U-Men, un grupo fanático de científicos que experimentan con mutantes involuntarios. Los X-Men invaden el escondite de los U-Men y lo que descubren es realmente horrible.

Mientras buscan en la sede de los U-Men, los X-Men encuentran a Hisako y Emma Frost, una mutante con el poder de la telepatía. Cyclops afirma que Emma fue la principal causa de la muerte de Jean un año antes. Emma lo niega y explica que ella era la instructora de Hisako y había venido a Japón para rescatarla, pero los X-Men desconfían de ella. En ese momento, el científico loco de los U-Men, Todd, lanza un ataque. Durante esta feroz batalla, se despiertan los poderes de Hisako como mutante.

Los X-Men destruyen el escondite de los U-Men. El cuerpo de Emma se transforma en una consistencia similar a la de un diamante mientras intenta proteger a Hisako de un rayo láser disparado por el moribundo Todd. Esto se conoce como "mutación secundaria" entre los mutantes. Los X-Men deciden llevar a Emma e Hisako de vuelta al Instituto Xavier para que las examinen. Durante el vuelo de regreso, Blackbird es atacado por una extraña criatura parecida a un murciélago que muestra los peligrosos síntomas del síndrome de Damon-Hall, que puede atacar a aquellos con mutaciones secundarias.

El profesor Xavier decide anunciar a Hisako y Emma como miembros de los X-Men. Cyclops se opone a que Emma se convierta en miembro cuando Hisako comienza su entrenamiento como miembro de los X-Men. Sin embargo, la enormidad de sus poderes la confunde. Para ganarse la confianza de Cyclops, Emma decide permitir que el profesor Xavier realice un examen telepático para que todos puedan ver sus pensamientos internos.

Todas las dudas sobre Emma desaparecen y los X-Men se unen de nuevo. El profesor Xavier siente que hay una enorme fuerza que no entienden todavía presente en el norte de Japón. Armados con una vacuna para combatir el síndrome de Damon-Hall, los X-Men regresan al norte de Japón. Sin embargo, mientras vuelan de regreso, una fuerza desconocida y muy poderosa les hace perder el control del Blackbird. Obligados a ejecutar un aterrizaje forzoso, luego son atacados por el resto de los U-Men y se produce una feroz batalla.

Habiendo derrotado a los U-Men, los X-Men llegan a una instalación en lo profundo de las montañas. La instalación está dirigida por una mujer llamada Yui Sasaki, quien originalmente la operaba como una escuela para niños mutantes, a la que asistía Hisako. Emma, ​​Wolverine y Beast sienten que Yui esconde algo. Yui contacta al profesor Xavier en Nueva York y le cuenta la impactante noticia de que es padre de un niño... que ya no existe.

Riko y Kaga, dos de los asistentes de Yui que han contraído los síntomas de Damon-Hall, atacan las instalaciones. A ambos se les inyecta la vacuna creada por Beast. Emma espía a un hombre desconocido cuando está en su estado de diamante. Emma tiene dudas sobre Jun y se pregunta si él es el hombre que vio. Mientras tanto, el Profesor X vuela en el Blackbird para visitar a los X-Men, pero nunca llega.

Se descubre que Yui les había estado dando a Riko y Kaga una droga que puede tener efectos secundarios no deseados. Mientras tanto, Emma aparece ante Jun, quien ha descendido a las instalaciones subterráneas, y descubre que él es, de hecho, el líder del Inner Circle, Mastermind. Los X-Men vienen corriendo, pero Wolverine está confundido por la ilusión de que Mastermind proyecta y ataca a Cyclops.

Una habitación en la parte trasera de las instalaciones subterráneas contiene la fuente del enorme poder que ha estado afectando al norte de Japón, y Mastermind planea usar esto para controlar el mundo. Se produce una feroz batalla entre los X-Men y los Cuatro Pilares del Círculo Interior convocados por Mastermind, y los X-Men logran derrotarlos, justo cuando Yui revela una verdad impactante. Mientras tanto, el profesor Xavier trata desesperadamente de escapar de su misteriosa prisión.

La fuente del poder que ha estado dañando a los mutantes del norte de Japón es Takeo, el hijo del profesor Xavier y Yui. Yui había intentado todo para ocultar su existencia y suprimir sus poderes, pero Mastermind había comenzado a manipular los poderes de Takeo para sus propios fines. La enormidad de su poder es tan grande que es capaz de distorsionar toda la realidad y las instalaciones de Yui son destruidas. El poder de Takeo aumenta y el mundo comienza a retorcerse y distorsionarse.

Los poderes de Takeo provocan fenómenos extraños en todo el mundo, poniendo en peligro a todos los humanos y mutantes. Los X-Men organizan un ataque simultáneo contra él, pero no son rival para él. El profesor Xavier, que finalmente ha llegado, se encuentra con su hijo, tanto en persona como en el plano astral, pero Takeo opone una feroz resistencia y contraataca. Ya no son mortales, ¿tienen los X-Men alguna esperanza de derrotar a Takeo antes de que el mundo sea destruido?