Temporada 2

Justo cuando las Tortugas creen que se han librado de Shredder, Tin-Grin es capaz de persuadir a Krang para que lo devuelva a la Tierra.

Mientras practican sus artes marciales en Central Park, las Tortugas son testigos de cómo una nave espacial extraterrestre se estrella en un pequeño estanque. El piloto les advierte que deben encontrar los tres fragmentos del Ojo de Zarnof.

Mientras las Tortugas y April O'Neil recorren la ciudad en busca del Segundo Fragmento del Ojo de Zarnov, Shredder le informa tímidamente a Krang que ha perdido el Primer Fragmento.

Luego de que las baterías del convergente de cristal alienígena se agotaran, Donatello, usando circuitos de repuesto de la nave espacial, construye un dispositivo de rastreo para ayudar a localizar el segundo fragmento del Ojo de Zarnov.

Las Tortugas siguen buscando el último fragmento. Pero Shredder encuentra el último fragmento y conecta los tres a su casco.

La comida favorita de las Tortugas, la pizza, es la fuente de sus problemas. Encontrandose con criaturas horribles con grandes colmillos en las cajas de pizza. Cuando las criaturas entran al agua, se vuelven enormes.

Frustrado por el último fracaso de Baxter, Shredder contacta a Krang en la Dimensión X y exige que envíen a Rocksteady y Bebop para ayudarlo.

Shredder planea adquirir más mutágeno y crear más mutantes. Una tormenta de iones en la Dimensión X interfiere con el portal dimensional.

Al percibirlola desesperación del Maestro Splinter por su nueva vida como rata, las Tortugas acuerdan usar la pequeña cantidad de mutágeno que les queda para elaborar una fórmula que convertirá a Splinter en Yoshi.

Shredder se entera de que la policía ha creado un policía robótico y planea robarlo y clonarlo. April recibe un dato sobre el nuevo policía experimental Rex-1 y entra al laboratorio con su cámara de noticias para obtener una historia exclusiva.

Mientras navegan por la Dimensión X, los Nutrinos deciden sobrevolar el Tecnódromo. Se enteran del último plan de Krang y Shredder para destruir a las Tortugas.

Mientras experimenta con un transportador de materia en su escondite secreto, Shredder envía a Rocksteady y Bebop a un basurero cercano. A través de una serie de contratiempos, Rocksteady y Bebop terminan en la Guarida de las Tortugas.

Para traer el Tecnódromo de regreso a la Tierra, Destructor recibe órdenes de apoderarse de la estación hidroeléctrica de las Cataratas del Niágara.